Первый каменный православный храм на территории области. Заложен в апреле 2003 года, построен и освящен в сентябре 2005 года.
В основание восточной стены собора положены мощи святого благоверного князя Федора и его сыновей Давида и Константина – Ярославских чудотворцев, а также части гроба преподобномученицы Великой княгини Елизаветы Федоровны.
В нижней части собора расположены храм во имя св. апостола Иакова и помещение для совершения таинства крещения с баптистерием.
При соборе открыт социально-просветительский центр Биробиджанской епархии, в котором расположились Епархиальное управление и резиденция правящего архиерея, епархиальная библиотека, конференц-зал, благотворительная столовая, различные епархиальные службы и подсобные помещения.